Přírodovědecká fakulta v současné době spolupracuje se sedmi fakultními školami. Spolupráce probíhá na úrovni všech přírodovědných oborů, spočívá rovněž v odborných konzultacích s vědci z PřF. Učitelé a studenti z fakultních škol se pravidelně účastní akcí, které pořádáme pro všechny střední školy z ČR.
První fakultní školou PřF se na jaře roku 2010 stalo Česko-anglické gymnázium.
ředitelka Česko-anglického gymnázia RNDr. Danuše Lhotková a bývalý děkan PřF prof. Libor Grubhoffer
Znovupodepsání smlouvy o jmenování Česko-anglického gymnázia fakultní školou Přírodovědecké fakulty JU:
ředitelka Česko-anglického gymnázia RNDr. Danuše Lhotková a děkan PřF prof. František Vácha
V listopadu 2010 jsme zahájili spolupráci s druhou fakultní školou, Gymnáziem Jírovcova z Českých Budějovic.
bývalý děkan prof. Libor Grubhoffer a bývalý ředitel Gymnázia Jírovcova RNDr. Karel Lichtenberg
Na konci května 2013 navštívila fakultu početná výprava z litvínovské Scholy Humanitas. Studenti si prohlédli univerzitní knihovnu a podívali se i na Přírodovědeckou fakultu, konkrétně na chovy rypošů. Navštívili také laboratoř elektronové mikroskopie Biologického centra AV ČR. Při této příležitosti byl Schole Humanitas jako třetí v pořadí udělen titul fakultní škola PřF.
ředitel Scholy Humanitas Mgr. Ladislav Turbák a děkan PřF prof. František Vácha
Čtvrtou fakultní školou se stala SOŠ strojní a elektrotechnická se sídlem ve Velešíně. Pan ředitel Ing. Bc. Milan Timko si za doprovodu děkana, členů vedení a vedoucích Ústavu fyziky a biofyziky a Ústavu aplikované informatiky prohlédl nové prostory PřF JU. Dále pan ředitel pokračoval v jednáních s doc. Milanem Předotou a RNDr. Liborem Dostálkem o možnostech spolupráce ve fyzikálních a informatických oborech.
děkan prof. František Vácha a ředitel SOŠ strojní a elektrotechnické Ing. Bc. Milan Timko
Volyňská škola se stala fakultní školou PřF v pondělí 4. listopadu 2013. Fakultu při této příležitosti navštívila ředitelka školy PaedDr. Eva Klasová, která kromě podpisu přílohy k Opatření děkana udělující titul fakultní škola měla také možnost diskutovat o vzájemné spolupráci s celým vedením fakulty. Vzájemná spolupráce obou jmenovaných škol bude probíhat ve všech přírodovědných oborech a odborníci z PřF rovněž poskytnou konzultace při realizaci projektu Centra ekologického vzdělávání U Kaštanu ve Volyni.
děkan PřF prof. František Vácha a ředitelka volyňské školy PaedDr. Eva Klasová
V pondělí 11. listopadu 2013 se stalo fakultní školou další z českobudějovických gymnázií. Oficiální udělení titulu fakultní škola jen potvrdilo dlouholetou spolupráci obou škol. Vyučující z GJVJ jsou pravidelnými účastníky našich vzdělávacích víkendů.
děkan PřF prof. František Vácha a ředitel GJVJ RNDr. Jaroslav Pustina
V pondělí 17. února 2014 byla podepsána dohoda o spolupráci se SOŠEP se sídlem ve Veselí nad Lužnicí. PřF s touto školou již dlouhodobě spolupracuje, naši pedagogové jezdí do Veselí často přednášet.
děkan PřF prof. František Vácha a ředitel SOŠEP Ing. Ladislav Honsa
V pondělí 30. listopadu 2015 se stala naší osmou fakultní školou kaplická střední škola. Přírodovědecká fakulta s touto školou dlouhodobě spolupracuje, naši pedagogové jezdí na školu často přednášet a studenti a učitelé z kaplické školy jsou pravidelnými účastníky našich akcí.
ředitelka Gymnázia, SOŠE a SOU Kaplice Ing. Marta Caisová a děkan PřF prof. František Vácha