Ústav chemie vznikl 1. srpna 2007 s cílem pěstovat a rozvíjet chemické obory na Přírodovědecké fakultě JU. Specifická je pro něj těsná návaznost na klasické a moderní biologické disciplíny dlouhodobě úspěšně budované na fakultě. Vedle toho vznikají další nové a perspektivní mezioborové výzkumné a vzdělávací směry na pomezí chemie a fyziky, matematiky nebo informatiky.
Vedoucí ústavu: Prof. RNDr. František Vácha, Ph.D. , vacha (at) jcu.cz, l. 6224
Tajemník ústavu: Doc. RNDr. Šárka Klementová, CSc. , sklement (at) jcu.cz, l. 6248
Sekretářka: Magdalena Kučerová, kucerovam (at) prf.jcu.cz, l. 6247
| Laboratoř | Vedoucí laboratoře |
| Budweis Single-Molecule Group | Mgr. Tomáš Fessl, Ph.D. |
| Laboratoř environmentální a analytické chemie | Doc. RNDr. Šárka Klementová, CSc. |
| Laboratoř glykobiochemie | RNDr. Ján Štěrba, Ph.D. |
| Laboratoř hmotnostní spektrometrie | RNDr. Filip Dyčka, Ph.D. |
| Laboratoř počítačové chemie | Doc. RNDr. Martin Kabeláč, Ph.D. |
| Laboratoř strukturní chemie | Prof. RNDr. Ivana Kutá-Smatanová, Ph.D. |
| Laboratoř struktury a funkce proteinů | Prof.. RNDr. Rudiger Ettrich, Ph.D. |